utadapt软件可以从高通量测序数据（fastaq文件）移除接头和低质量的序列。

linux系统安装：

用pip安装：pip install cutadapt（如果系统没有安装pip，会提醒你先安装pip)

which cutadapt   #查看安装路径

cutadapt --help   #查看使用说明和功能参数

一般使用：

cutadapt [-a|-b|-g] input_reads.[fasta|fastq] > output_reads.[fasta|fastq]

-a     移除reads 3‘接头序列

-g     移除reads 5‘接头序列

-e     最大允许的错误率

-m    除去小于一定数值的序列

-M    除去大于一定长度的序列

-q     reads移去接头之前，3‘或5‘末端质量截取